تبلغ مساحة المحافظة الكلية 366 كم2، ومجموع مساحة المناطق العمرانية الفلسطينية يبلغ 6604 دونمات، وعدد السكان المحافظة يبلغ 65915 نسمة حسب احصائيات جهاز الإحصاء المركزي عام 2021  . وحول جدار الفصل فقد اتضح أن طوله القائم يبلغ 6717م ومساحة المناطق التي عزلها تبلغ 1958 دونماً، أما عدد المستوطنات والبؤر الاستيطانية فيبلغ عشر مستوطنات، تحتل مساحة 7518 دونماً ويقطنها أكثر من ألفي مستوطن، فيما تبلغ مساحة القواعد العسكرية 14359 دونماً.
وهذه المستوطنات هي: متسبي يريحو، الموج، فيرد يريحو، يطاف، بتسئيل، نعران، نتيف هجدود، مسواه، معالي أفرايم، جلجال، أرجمان، بيت هعرفا، تومر، نعامي، يافيت
 
وفقا للاستراتيجية الأمنية الإسرائيلية، تعتبر مستوطنات الخطوط المتوازية، أولى المستوطنات نشؤا في المنطقة، حيث بنيت ضمن خط مستقيم، وهي:

1- المستوطنات الموازية لنهر الأردن، (مشروع "آلون") التي تبدأ في مستوطنة محولا شمال الغور، ومستوطنة شديموت محولا تتصل بالخط المستقيم نفسه مع معسكر رويتم، ومعسكر يابوق، ومستوطنة حمدات وصولًا إلى مستوطنة أرجمان، ثم مسؤاه، ويافيت، ثم بتسائيل، وتومر، ومستوطنة جلجال جنوبًا. كل هذه المستوطنات تقع على خط موازٍ لنهر الأردن، ولا تبعد عنه أكثر من 5-10 كم فقط. (للمزيد من المعلومات، انظر الاستيطان في محافظة طوباس والأغوار الشمالية).

2- يقابل هذا الخط الاستيطاني خط موازٍ له، يشمل مستوطنات الظهير الداعمة لهذا الخط، وهي المستوطنات التي تعلو المنحدرات الشرقية لجبال نابلس وطوباس، تبدأ شمالا بمستوطنة روعي، ثم بقعوت المقامة على أراضي طمون، تتصل عبر شارع استيطاني يخترق الغور مع مستوطنة الحمرا، والحمرا (ب)، ثم مستوطنة مخورا، ثم جتيت، ثم مستوطنة معاليه أفرايم (مركز مستوطنات الأغوار) التي تعتبر المركز الحضري والصناعي الزراعي، الذي يحتوي على المراكز الإدارية التي تدير مركز مجلس إقليمي (وادي الأردن)؛ ثم مستوطنة مجدوليم. (حسب المركز الجغرافي الفلسطيني، مسح المستعمرات الإسرائيلية في الضفة). (للمزيد من المعلومات، انظر الاستيطان في محافظة طوباس والأغوار الشمالية).

3- يوازي هذا الخط الاستيطاني خط طولي آخر، يبدأ من الشمال بمستوطنة حومش (المخلاه حاليًا)، يتصل مع مستوطنة شافي شمرون، ( للمزيد من المعلومات، انظر الاستيطان في محافظة نابلس) ويصل عبر طريق التفافي مع مستوطنة قدوميم، التي تتصل عبر طريق آخر يخترق الجبال، مع مستوطنة عمانوئيل، ومستوطنة رفافا، وبركان، (للمزيد من المعلومات، انظر الاستيطان في محافظة قلقيلية) ينتهي هذا الخط في مستوطنة أرئيل ومستوطنة بدوئيل. (للمزيد من المعلومات، انظر الاستيطان في محافظة سلفيت).

إن هذه الخطوط الطولية الاستيطانية تشكل موانع وحواجز أمنية، وخطوط دفاع متقدمة، ضمن خطة استراتيجية، يسيطر الخط الأول:على منطقة الحدود الشرقية مع نهر الأردن، والخط الثاني: يحمي الخط الأول بمستوطنات الظهير، ويدعمه الخط الثالث: الموازي له، الذي يخترق التجمعات السكانية العربية؛ فيشكل مانعًا طبيعيا أمام تواصل هذه التجمعات، ويمنع تطورها، والخط الرابع: يقطع طوليًا غرب نابلس، ويشكل ساترًا أمنيًا، في غرب المنطقة، والخط الخامس: يوازي الخط الأخضر، ويطل على السهل الساحلي، ليحمي العمق الإسرائيلي (خطة النجوم السبعة)، (للمزيد من المعلومات، انظر الاستيطان في محافظة طولكرم وقلقيلية). هذه الخطوط مجتمعة تخدم الهدف الأمني والسياسي للاستيطان الإسرائيلي.
 
محافظة طوباس منطقة استراتيجية هامة، تشكل مع منطقة أريحا، غور فلسطين، الذي يمتاز بجودة أرضه، ووفره مياهه، وصلاحيته لزراعة الكثير من المزروعات. وكانت المنطقة هدفاً للاحتلال والاستيطان الإسرائيلي منذ احتلال الضفة الغربية، فقد تم بناء مجموعة كبيرة من المستوطنات ومعسكرات تدريب الجيش، أتت على أكثر من نصف مساحة المحافظة، خاصة بعد القرار الأخير بفصل وعزل منطقة الأغوار.