تبلغ مساحة المحافظة الكلية 366 كم2، ومجموع مساحة المناطق العمرانية الفلسطينية يبلغ 6604 دونمات، وعدد السكان يبلغ 49615 نسمة. وحول جدار الفصل فقد اتضح أن طوله القائم يبلغ 6717م ومساحة المناطق التي عزلها تبلغ 1958 دونماً، أما عدد المستوطنات والبؤر الاستيطانية فيبلغ عشر مستوطنات، تحتل مساحة 7518 دونماً ويقطنها أكثر من ألفي مستوطن، فيما تبلغ مساحة القواعد العسكرية 14359 دونماً.

محافظة طوباس منطقة استراتيجية هامة، تشكل مع منطقة أريحا، غور فلسطين، الذي يمتاز بجودة أرضه، ووفره مياهه، وصلاحيته لزراعة الكثير من المزروعات. وكانت المنطقة هدفاً للاحتلال والاستيطان الإسرائيلي منذ احتلال الضفة الغربية، فقد تم بناء مجموعة كبيرة من المستوطنات ومعسكرات تدريب الجيش، أتت على أكثر من نصف مساحة المحافظة، خاصة بعد القرار الأخير بفصل وعزل منطقة الأغوار.